Nowe JPK_VAT przede wszystkim będzie podzielony na dwie części:
Część deklaracyjna – będzie zawierać między innymi dane identyfikacyjne podatnika, okres za jaki jest składany plik. W tej części znajdą się również informacje pozwalające na np. rozliczenie podatku należnego i naliczonego, jak i obliczenie wysokości zobowiązania podatkowego lub samej kwoty zwrotu.
Część ewidencyjna – będzie posiadać dane, które są w rejestrach VAT. Chodzi tu o wskazanie miesiąca, kwartału i roku, którego dotyczy składana ewidencja. Celu założenia ewidencji. Czy jest to pierwotna ewidencja, czy jej korekta. Ewidencję sprzedaży i zakupu. W tej części należy również wskazać rodzaj sprzedaży wraz z ich podziałem na stawki podatku VAT. Dane dotyczące korekty podstawy opodatkowania i daniny należny. Dane identyfikacyjne kontrahenta, data transakcji, numer faktury.